Come scegliere i fondatori di una razza da conservare

La prima decisione di come definire un piano di conservazione prevede: la scelta degli animali fondatori che contribuiranno alla fornitura di gameti sia per la crioconservazione sia per la prima generazione di animali vivi. Questi fondatori devono, come regola generale, garantire la massima variabilità genetica della razza oggetto di conservazione. Questi fondatori dovranno avere: massima diversità allelica (n. alleli esistenti nella popolazione ad un dato tempo), massima eterozigosità osservata Hoss (% individui eterozigoti) e massima eterozigosità attesa Hatt (% individui eterozigoti nelle condizioni di equilibrio Hardy e Weinberg ovvero 1 – Sp2i dove p2i è la frequenza dell’allele i ad un dato locus). In letteratura, secondo Caballero e Toro, tra i 3 parametri, l’Hatt è quella da preferire e quindi da massimizzare. In condizioni di Hardy-Weinberg, in una popolazione infinitamente ampia, le frequenze genotipiche sono definite dallo sviluppo del binomio (p+q)2 dove p e q sono le frequenze dei 2 alleli. Secondo questa legge, le frequenze geniche e di conseguenza quelle genotipiche non cambiano da una generazione ad un’altra quando la popolazione è sufficientemente ampia e gli animali si accoppiano casualmente.
Prendendo in considerazione un locus con alleli A1 e A2, in equilibrio di HW, le frequenze genotipiche saranno  A12 +2A1A2 + A22 = 1.
Hatt = 2pq
Hoss = 2pq(1-F) dove F è la consanguineità
Da questa possiamo ricavarci quindi la consanguineità che sarà data (Hatt-Hoss)/Hatt.

CONSANGUINEITA’            LIMITE
Fx =1/2Ne                              Ci basiamo su un solo carattere
Fx = ½ a P-M                         Potrei non avere il pedigree
Fx = (Hatt-Hoss)/Hatt            Completa le lacune, ma è costoso

CUna popolazione che si trova in equilibrio deve soddisfare: accoppiamenti casuali, popolazioni molto grandi, assenza di fenomeni di migrazione, assenza di mutazioni e selezione naturale non operante sugli alleli in questione.
Ci sono diverse possibilità per scegliere i fondatori, utilizzando diverse informazioni quali:
•    Pedigree (il coefficiente di parentela riflette l’attesa omozigosità per discendenza; si dovrebbero usare come fondatori quelli che minimizzano la parentela media di gruppo includendo la parentela tra i soggetti stessi. La parentela media k di un gruppo di animali può essere stimata con l’equazione K = 0,25Ks + 0,50Kd + 0,25Ksd dove Ks è la parentela media padri, Kd è la parentela media madri e Ksd è la parentela media tra madri e padri. Minimizzare la Kexp equivale minimizzare la parentela )
•    Marcatori (quando l’informazione del pedigree è assente, la parentela può essere stimata da marcatori molecolari; questi possono influenzare la parentela stimata che è definita come un indice di similarità genetica)
•    Pedigree e marcatori (quando si dispone sia del pedigree che dei marcatori per minimizzare la parentela è possibile utilizzare la ottimale selezione entro famiglia dove ciascun padre contribuisce per un figlio e tra le r madri accoppiate con ciascun padre, una è selezionata per contribuire a un solo figlio e le rimanenti madri r-1 madri  per una figlia ciascuna; in questo caso i marcatori servono per selezionare entro famiglia )
•    Fenotipo (possono essere utilizzate le informazioni relative alla variabilità fenotipica di caratteri esteriori come le differenze nella colorazione e/o conformazione, la presenza/assenza delle corna e di ernia cerebrale che potrebbero interessare le o garantire lo schema i conservazione)
•    Altre informazioni (ci potrebbero essere informazioni sulla struttura della razza o sulla storia e localizzazione geografica per capire se alcuni allevamenti sono stati mantenuti isolati. Molte razze tradizionali sono state suddivise in varietà che hanno mantenute isolate caratteristiche morfologiche; queste caratteristiche dovrebbero essere valutate quando si scelgono i fondatori per uno schema di conservazione come la gallina padovana)