Appaiamento
APPAIAMENTO
Le interazioni sono per appaiamento: la superficie fosfosaccaridica è polare, le interazioni avvengono tra le basi (apolari). La sezione è a diametro costante, dato che l’appaiamento è sempre tra pirimidina e purina.
∙∙∙∙∙ CONDIZIONE MINIMA DI STABILIZZAZIONE PER IL DUPLEX
---- > ALTRE INTERAZIONI TRA ALTRE PARTI MOLECOLARI
• OH: INTERAZIONE PER PONTE A IDROGENO
• O: PUÓ ESSERE SEDE DI PONTE A IDROGENO CON DIREZIONALITÁ OPPOSTA
• GRUPPO IMMINICO DELLA PIRIMIDINA: PUÓ DARE PONTE A IDROGENO CON DIREZIONALITÁ OPPOSTA A QUELLA CHE RICEVE
• 7N: DÁ PONTE A IDROGENO
• 1N DI PIRIMIDINA E 3N DI PURINA: DANNO PONTE A IDROGENO
Si hanno interazioni soprannumerarie con polarità direzionale.
Nel duplex le basi non sono completamente isolate dall’ambiente, ma sono in contatto con esso e danno interazioni miste.
SOLCHI
La sequenza dei sistemi appaiati lungo tutto lo sviluppo della doppia elica concorre a formare la superficie esterna, che è come se avesse due aperture a solco: una con un maggior numero d’interazioni (solco maggiore), l’altro con uno minore (solco minore).
Il solco minore deriva dalla successione delle interazioni delle posizioni 2 delle basi appaiate e della posizione 3 della purina.
Il solco maggiore deriva dalla successione delle interazioni 1-3 per purina e pirimidina, 4-6 per pirimidina e purina e 7 per la purina.
Ci sono due sistemi molto diversi d’interazione con le proteine: uno attraverso la catena fosfosaccaridica, l’altro attraverso le interazioni a ponte idrogeno che derivano dallo sviluppo lungo solco maggiore e minore, che esprimono un codice distributivo da cui derivano le interazioni con le proteine e la trasmissione dell’informazione genetica.
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