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α-elica


L’α-elica si autostabilizza con ponti a idrogeno esclusivamente tra legami peptidici di spire contingue con NH donatore e C=O accettore.
Un susseguirsi di lunghezze 1,3 Ǻ uguali e di 1,67 Ǻ di legami semplici adiacenti.
36 residui per periodo, in 5 spire abbiamo 18 aa.
Distanza tra le 5 spire: macroperiodo di 27 Ǻ (confermato da misure diffrattometriche).
L’α-elica è quindi un sistema molto compatto.
Ogni aa ha lo spazio di 1,5 Ǻ.
L’angolo tra il piano della spira e il piano normale all’asse di avvolgimento è molto minore di 30°. Se è maggiore di 30°, l’elica si stira: i ponti a idrogeno non portano più all’autostabilizzazione.
R sono disposti equatorialmente verso l’esterno dell’elica. 
I sostituenti (equatoriali) guardano verso l’interno.
Le caratteristiche dipendono dalla distribuzione in amminoacidi.
Struttura e distribuzione polare sono correlate, non sono casuali. Ciò consente meccanismi di interazione e riconoscimento da parte di altre molecole o parti del polimero.
Un segmento non polare può essere seguito da un segmento polare o polare carico, o una parte del segmento può avere una zona polare e una zona apolare, con diverse interazioni con le molecole circostanti.

STRUTTURE SUPERSECONDARIE
Il polimero può svilupparsi per una lunghezza infinita, se si mantengono le condizioni di formazione dell’α-elica. Nei 27 Ǻ si osservano piccoli superavvolgimenti, che si verificano regolarmente ogni circa 5,4 Ǻ (corrispondono a 2 legami peptidici con stesso orientamento spaziale). Quando in una sequenza ad α-elica si introduce uno dei 4 amminoacidi destabilizzanti, l’α-elica si interrompe e inizia un filamento disorganizzato di lunghezza variabile, e l’α-elica riparte quando nel coil ci sono alcuni elementi favorevoli. Struttura super-secondaria (elica-giro-elica).
α-ELICA – FILAMENTO DISORGANIZZATO – α-ELICA
Nel filamento disorganizzato ci sono amminoacidi con forti interazioni con l’ambiente, che divengono centri di riconoscimento per macromolecole, o centri catalitici in reazioni enzimatiche o chelanti per ioni metallici.
Rapporti tra residui: superfici apolari possono interagire tra loro (interazioni idrofobiche) ⇒ 

STRUTTURA SUPER-SECONDARIA
Super-avvolgimento: scostamenti regolari che si allineano sull’asse di super-avvolgimento; tale organizzazione porta alla stabilizzazione con altre forme per interazioni superficiali lungo la superficie dell’elica.

Tratto da BIOCHIMICA di Marco Lazzara
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