Espressione delle molecole MHC

Le molecole di classe I sono espresse su quasi tutte le cellule nucleate, mentre le molecole di classe II sono normalmente espresse solo su cellule dendritiche, linfociti B, macrofagi, e pochi altri tipi di cellule. Tale andamento è legato alle funzioni dei linfociti T ristretti per la classe I e la classe II. La funzione effettrice dei linfociti T CD8+  ristretti per la classe I è quella di uccidere le cellule infettate dai microrganismi intracellulari, come i virus. Dato che i virus possono infettare qualsiasi cellula nucleata, i ligandi che i linfociti T CD8+ riconoscono devono essere presenti su tutte le cellule nucleate. Invece, i linfociti T helper CD4+ ristretti per la classe II hanno principalmente la funzione di attivare (o aiutare) i macrofagi a eliminare i microbi extracellulari che sono stati fagocitati e di attivare i linfociti B a produrre anticorpi per eliminare i microrganismi extracellulari. Per questo le molecole di MHC di classe II sono espresse su questo tipo di cellule.
L'espressione delle molecole MHC è aumentata dalle citochine prodotte durante la risposta immunitaria innata e durante quella specifica. In molti tipi cellulari, gli interferoni IFN-α, IFN-β e IFN-γ incrementano il livello di espressione delle molecole di classe I e l'interferone IFN-γ anche quelle di classe II.
La velocità di trascrizione genica determina l'entità della sintesi delle molecole MHC e della loro espressione sulla superficie cellulare. Le citochine potenziano l'espressione dell'MHC tramite la stimolazione della velocità di trascrizione dei geni di classe I e II. Questi effetti sono mediati dal legame di fattori di trascrizione attivati dalle citochine alle sequenze regolatrici del DNA nelle regioni promotrici dei geni MHC.