Organizzazione genomica dell'MHC

Nell'uomo l'MHC è localizzato sul braccio corto del cromosoma 6 e la β2-microglobulina è codificata da un gene sul cromosoma 15. In termini genetici classici l'MHC si estende per circa 4 centimorgans, ciò significa che eventi di crossig-over nell'MHC si verificano con una frequenza di circa il 4% a ogni meiosi. Molte delle proteine coinvolte nella processazione degli antigeni proteici e nella presentazione dei relativi peptidi ai linfociti T sono codificate da geni localizzati nell'MHC.
In altre parole, questo locus contiene molte delle informazioni necessarie per il meccanismo di presentazione dell'antigene. I geni di classe I, HLA-A, HLA-B e HLA-C, sono nella porzione più telomerica del locus HLA, e i geni di classe II sono in posizione più centromerica nel locus HLA. Entro il locus di classe II vi sono i geni che codificano varie proteine che svolgono un ruolo critico nella processazione dell'antigene. Una di queste proteine, chiamata trasportatore associato alla processazione degli antigeni (TAP), è un eterodimero che trasporta peptidi dal citosol nel reticolo endoplasmatico, dove questi possono essere associati alle molecole di classe I di nuova sintesi. Altri geni codificano un complesso chiamato proteasoma, che degrada le proteine citosoliche in peptidi che sono successivamente presentati da molecole MHC di classe I. Un altra coppia di geni codifica per l'HLA-DM, che è coinvolto nel legame dei peptidi alle molecole di classe II. Tra i geni MHC di classe I e II vi sono anche geni che codificano per numerose componenti del sistema del complemento, per tre citochine correlate, e per alcune proteine da stress. L'insieme dei geni dell'MHC che codificano per queste proteine è stato chiamato MHC di classe III. Gli studi di popolazione hanno messo in evidenza che lo straordinario polimorfismo delle molecole MHC si è generato per conversione genica e non per mutazioni puntiformi. (tipizzazione tissutale: determinazione dei diversi alleli MHC espressi da un soggetto allo scopo di programmare il miglior abbinamento tra donatore e ricevente di trapianto. La tipizzazione tissutale, detta anche tipizzazione HLA, è in genere ottenuta saggiando la reattività di sieri rivolti verso determinati alleli MHC nei confronti dei linfociti del soggetto analizzato, valutando la capacitò di tali sieri di causare una lisi dipendente dal complemento).