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Ligasi Mn-dipendenti


C-S LIGASI

Reazione in due tempi.



C-N LIGASI

Trasformazione di un monosaccaride in un amminomonosaccaride.




P-O LIGASI

Nel metabolismo degli acidi nucleici.



Saldano i punti di discontinuità che si hanno durante la duplicazione del duplex, unendo i terminali 3’ e 5’ che si affrontano. Il terminale 5’ dev’essere marcato per fosforilazione. PPi viene sequestrato da una pirofosfatasi che lo idrolizza, aumentando l’energia del sistema. La trasformazione è irreversibile. Avviene un cambiamento conformazionale che avvicina l’O dell’anidride alla sfera di coordinazione di Mn. Mn destabilizza portando via AMP; P in 5’ resta cationico e riceve attacco nucleofilo da OH in 3’, formando un legame fosfodiestereo. Sul filamento appena sintetizzato, lo scorrimento promuove quindi la saldatura del frammento.

C-O LIGASI

Reazioni ligasiche e transferasiche.
La ligasi inserisce ogni amminoacido sul proprio trasportatore specifico, il t-RNA, sul terminale 3’. Ogni amminoacido è diversificato in virtù della sequenza anticodice e delle altre anse.

aa + ATP ⇆ aa~~AMP + PPi

COOH dell’amminoacido dà attacco nucleofilo su P cationico generando un composto ad alta energia. PPi viene idrolizzato e dà ulteriore energia al sistema.

aa~~AMP + t-RNA ⇆ aa~~t-RNA + AMP



Tratto da APPUNTI DI BIOCHIMICA di Marco Lazzara
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