Strutture esterne

Alcuni batteri (sia gram-positivi che gram-negativi) sono circondati da strati polisaccaridici o proteici detti capsule. Nel caso in cui questo materiale sia scarsamente aderente e uniforme in densità o spessore, viene detto strato mucoso. Tali strutture non sono necessarie per la crescita batterica, ma sono ottimi fattori di virulenza: la capsula è scarsamente antigenica, possiede attività antifagocitica, può agire da barriera per molecole tossiche e favorire l'aderenza alle cellule dell'ospite. Alcuni batteri, tra cui Pseudomonas aeruginosa, in certe condizioni producono un biofilm polisaccaridico, che stabilisce una comunità batterica e la protegge da antibiotici e difese immunitarie. Un esempio di biofilm è la placca dentaria.
I flagelli sono strutture elicoidali costituite da subunità proteiche ancorate alla membrana attraverso una struttura a forma di gancio e un corpo basale e azionate dal potenziale di membrana. Forniscono motilità.
Le fimbrie, o pili, sono strutture simili a peli costituite da subunità di pilina. In genere un gran numero di pili sono distribuiti uniformemente su tutta la superficie. Essi fungono da adesine. I Pili F (pili sessuali) si legano ad altri batteri e costituiscono un tubo per il trasferimento di materiale genetico.