SDS-PAGE nelle preparazioni biochimiche

I saponi ed i detergenti sono molecole anfipatiche in grado di denaturare le proteine. Il sodio dodecil solfato (SDS), un detergente molto spesso usato nelle preparazioni biochimiche, si lega abbastanza tenacemente alle proteine forzandole ad assumere una forma a bastoncino. La carica negativa che l'SDS porta con sé sulle proteine maschera la loro carica intrinseca e quindi le proteine trattate con SDS tendono ad avere lo stesso rapporto carica/massa e la stessa forma. Di conseguenza, l'elettroforesi di proteine in un gel contenente SDS agisce sulla base delle loro masse per le proprietà di gel filtrazione che esse esprimono. Con la SDS-PAGE è possibile anche stabilire la massa molecolare delle proteine con un accuratezza del 5-10%. La mobilità elettroforetica delle proteine in questo tipo di gel varia in modo lineare con il logaritmo della loro massa molecolare. In pratica, la massa molecolare viene determinata sottoponendo la proteina ad elettroforesi insieme ad alcune proteine standard di cui è noto il peso molecolare. Però, come sappiamo molte proteine possiedono più di una catena polipeptidica. Il trattamento con SDS distrugge le interazioni non covalenti che tengono unite queste subunità. Quindi la SDS-PAGE determina la massa molecolare delle subunità e non quella della proteina intatta, a meno che le subunità non siano unita da ponti disolfuro.