Tecniche XML per la gestione di dati proteici

1 Le banche dati strutturali sulle proteine 1.1Le proteine e l’utilizzo delle banche dati di proteine Le proteine (trattate dettagliatamente all’interno dell’APPENDICE A)) costituiscono la base strutturale e funzionale di tutti i sistemi viventi. Tali complesse macromolecole esibiscono una notevole diversità funzionale, che permette loro di svolgere una miriade di attività fondamentali per la vita. Probabilmente, nessun altro tipo di macromolecola biologica potrebbe esplicare tutte le funzioni che le proteine hanno accumulato attraverso miliardi di anni di evoluzione. Diventa interessante studiare la struttura tridimensionale di una proteina perché è vero che solo l’analisi tridimensionale di una macromolecola può aiutarci a comprendere in quale modo e per quale motivo una determinata sequenza possa determinare una precisa funzione. Sebbene esistano numerose metodologie chimico- fisiche in grado di fornire dettagli strutturali; modelli tridimensionali completi si possono ottenere solo applicando tecniche di cristallografia a raggi X e risonanza magnetica nucleare (NMR). In questi anni si sta assistendo ad un rapido sviluppo delle conoscenze in campo biologico, e questo è in gran parte dovuto all’utilizzo di strumenti informatici per il calcolo e l’elaborazione dei dati. Le misure sperimentali condotte con varie tecniche di analisi (raggi X, spettrometria NMR, ...) hanno prodotto e continuano a produrre un’enorme mole di informazioni relative a sequenze proteiche note. I progressi in campo biochimico hanno poi dato un impulso decisivo al sequenziamento del genoma di vari organismi, fra cui l’uomo. Questi dati, per la maggior parte liberamente disponibili, costituiscono uno dei principali strumenti di indagine utilizzati dai laboratori di ricerca in tutto il mondo. Grazie ad essi ed a varie tecniche ed algoritmi di ricerca di omologie, è oggi possibile 5