Caratterizzazione funzionale e strutturale del fattore trascrizionale TtSmtB di T.thermophilus
Spettri singoli di TtSmtB con metalli
Gli spettri CD sono stati registrati nel Far UV usando lo spettropolarimetro Jasco J-715 e cuvette di quarzo di 0.3 ml dal cammino ottico 1 mm, adoperando il programma "Spectrum Measurement".
Gli spettri sono stati registrati usando 24 µg (corrispondenti a 5,9 µM, considerando il monomero) di proteina ed i seguenti rapporti crescenti di metalli (cadmio, antimonio, arseniato, arsenito).
Il tampone utilizzato è NaP 25 mM a pH 7.
Gli spettri sono stati registrati ad un intervallo di lunghezze d"onda tra i 190 nm e i 250 nm, impostando i seguenti parametri:
- tempo di risposta: 4 sec;
- ampiezza di banda: 0.5 nm;
- velocità di scansione: 20 nm/min;
- modalità di scansione: continua;
- sensibilità: 100 mdeg;
- temperatura: 25 °C.
L'elaborazione dei dati grezzi è stata fatta sfruttando le funzioni del programma "Spectra Analysis". Il processing consiste nella sottrazione dei dati degli spettri contenenti solo tampone (o tampone e metalli, qualora presenti), a quelli derivanti dall'analisi degli spettri con la proteina (ed i metalli, qualora presenti). Il risultato è uno spettro detto "bianco sottratto", cui è applicata la funzione "Optical constant" che permette di calcolare l'ellitticità molare in base alla concentrazione molare della proteina nell"esperimento (pari a 5,9 µM). Quindi sfruttando la funzione "Aritmetic" è possibile calcolare l'ellitticità molare per residuo inserendo il valore dato dal rapporto: 1/numero di residui della proteina, pari in questo caso a 0,008.
I dati ottenuti dai valori di ellitticità molare per residuo così elaborati sono raccolti in file denominati "Data Dump". Tali dati sono estratti sfruttando Excell, convertiti in tabelle ed analizzati con il programma Graph Pad. Qui attraverso la funzione "Crea grafico XY", è stato riportato sulle ascisse il valore della lunghezza d'onda (nm) e sulle ordinate il valore di ellitticità molare per residuo (θ).
Gli esperimenti sono stati fatti in duplicato.
Questo brano è tratto dalla tesi:
Caratterizzazione funzionale e strutturale del fattore trascrizionale TtSmtB di T.thermophilus
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Informazioni tesi
| Autore: | Francesca Gabriele |
| Tipo: | Laurea II ciclo (magistrale o specialistica) |
| Anno: | 2016-17 |
| Università: | Università degli Studi di Napoli - Federico II |
| Facoltà: | Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali |
| Corso: | Biologia |
| Relatore: | Gabriella Fiorentino |
| Lingua: | Italiano |
| Num. pagine: | 92 |
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