Geni di suscettibilità alla sclerosi multipla: le prospettive dello scan su tutto il genoma

Il sequenziamento nucleotidico del genoma di ogni individuo coinvolto in uno studio di associazione non è ancora una strada praticabile, ma lo diverrà a breve. Analizzare la variabilità di marcatori è cosa diversa e per ora più economica che esaminare un intero genoma alla ricerca di un qualsiasi tipo di cambiamento di sequenza.
La disponibilità di piattaforme tecnologiche in grado di scansionare, su larga scala, interi genomi alla ricerca di marcatori, ha reso possibile la realizzazione di progetti di ricerca impensabili fino a pochi anni fa. Le industrie biotecnologiche hanno sviluppato, e continuano ad affinare, diversi sistemi per analizzare numerosissimi SNPs ed individuare eventuali associazioni con specifiche malattie.
I principi su cui si basano questi sistemi sono gli stessi utilizzati da tempo in innumerevoli altre applicazioni: l'estensione di primers (minisequenziamento), l'ibridazione di oligonucleotidi allele-specifici o la ligazione di oligonucleotidi.
Tuttavia, ciò che rende senza precedenti le piattaforme di nuova generazione è la loro struttura, la quale è in grado di garantire automazione e rese elevate (piattaforme high-throughput). Molti sistemi, infatti, combinano le suddette tecniche con i progressi ottenuti nel campo dell'allestimento dei labs-on-a-chip (laboratori su chip), che sfruttano i principi della microfluidica.
Altri sistemi sfruttano il pirosequenziamento o la spettrometria di massa. E' in questo modo possibile genotipizzare un alto numero di individui con tempi e costi relativamente contenuti. Tale strategia viene appunto denominata genome-wide scan, scansione su tutto il genoma.