Filogenesi molecolare di coralli stoloniferi (Cnidaria:Octocorallia)

Lo scopo della filogenesi molecolare è la ricostruzione della storia evolutiva degli organismi. Il primo tentativo di classificazione risale ad Aristotele con la "Scala Naturae" concepita come un crescendo di organismi via via più complessi fino all'apice evolutivo, l'uomo. Da Darwin in poi, al concetto di scala evolutiva si sostituisce l'immagine dell'albero evolutivo, più rappresentativo delle reali relazioni che intercorrono tra le specie e alla base delle rappresentazioni moderne: gli alberi filogenetici. I principali tipi di filogenesi sono quella morfologica (basata cioè sull'aspetto degli organismi) e quella molecolare (basata cioè su acidi nucleici e sequenze amminoacidiche). Mentre la prima è soggetta a errori (Es. adattamenti ambientali che comportano caratteri ambigui o da forme di evoluzione convergente), la seconda è più precisa ed oggettiva. Infatti, attraverso studi sulla sequenza dei monomeri nelle macromolecole informazionali, è stato dimostrato che può essere misurata la distanza evolutiva tra due specie che derivano da un antenato comune.
Il numero di differenze nella sequenza nucleotidica o amminoacidica di macromolecole omologhe presenti nelle due specie in esame è infatti è proporzionale al numero di variazioni, derivanti da mutazioni, che si sono stabilizzate nel DNA codificante durante la differenziazione evolutiva. La quantità di cambiamenti che si accumulano con velocità più o meno costante (distanza evolutiva), corrisponde al prodotto di un tasso (quello al quale le mutazioni si stabilizzano) per un tempo durante il quale sono avvenuti i cambiamenti di sequenza (Woese, 1987; Wilson, 1985).