Virus a RNA

La replicazione e la trascrizione dei virus a RNA sono processi simili, perché di solito i genomi virali sono formati da mRNA a polarità positiva o negativa. Durante i vari processi si forma un intermedio replicativo di RNA a doppia elica. Il genoma deve codificare le RNA-polimerasi (replicasi e trascrittasi), dato che la cellula non può replicare l'RNA. La replicazione fornisce nuovi stampi per la produzione di più mRNA, cosa che amplifica e accelera la replicazione virale.
I genomi virali a polarità positiva agiscono da mRNA, si legano ai ribosomi e dirigono la sintesi proteica. Tale genoma è quindi sufficiente per iniziare da solo l'infezione. Viene prodotta la RNA-polimerasi e viene sintetizzato uno stampo di RNA a filamneto negativo, che viene usato per generare più mRNA.
I genomi virali a polarità negativa cistituoscono stampi per la produzione di mRNA. Il genoma non è quindi infettivo di per se e, per produrre singolo mRNA per la sintesi di proteine virali, il virus deve introdurre una polimerasi associata al genoma. Il tutto avviene a livello citosolico (tranne che per i virus dell'influenza).
I retrovirus hanno due copie di un genoma a RNA a filamento positivo, due tRNA e una trascrittasi inversa nel virione. Il tRNA serve da iniziatore per la sintesi di una copia di DNA complementare circolare del genoma. Il cDNA viene prodotto nel citosol, viaggia fino al nucleo dove viene integrato nella cromatina della cellula ospite. Il genoma virale diventa perciò un gene cellulare.