Basi strutturali del legame dei peptidi alle molecole MHC

Il legame dei peptidi alle molecole MHC è un interazione non covalente tra residui presenti nei peptidi e nella tasca delle molecole MHC. Gli antigeni proteici vengono tagliati proteoliticamente nelle cellule che presentano l'antigene per generare i peptidi che saranno legati ed esposti dalle molecole MHC. I peptidi si legano alla tasca di queste molecole prendendo una conformazione estesa. Una volta legati, i peptidi e le molecole d'acqua ad essi associati, prendono estesi contatti con i residui amminoacidici del foglietto β del pavimento e le α-eliche delle pareti della tasca. Nella maggioranza delle molecole MHC, il foglietto β del pavimento della tasca contiene delle “nicchie”. I residui amminoacidici di un peptide possono contenere catene laterali che si infilano in queste nicchie e si legano ad amminoacidi complementari, spesso tramite interazioni idrofobiche. Tali residui sono chiamati residui àncora, dal momento che sono i maggiori responsabili per il legame. Ciascun peptide legato all'MHC generalmente contiene solo uno o due residui àncora, e questo presumibilmente permette una maggiore variabilità negli altri residui, precisamente in quelli che saranno riconosciuti dai linfociti T specifici. Dato che molti residui all'interno e intorno alla tasca dell'MHC sono polimorfi (cioè differiscono tra diversi alleli MHC), alleli differenti favoriscono il legame di diversi peptidi. Queste sono le basi strutturali della funzione dei geni MHC come “geni della risposta immunitaria”.