Terza fase del ciclo replicativo virale: uncoating

Il processo di uncoating viene generalmente riferito ad eventi che hanno luogo dopo la penetrazione, e che portano alla rimozione totale o parziale del capside e all'esposizione del genoma. In un certo senso, la perdita dell'envelope virale che ha luogo durante il processo di fusione determina l'uncoating (o scapsidamento). La fusione fra envelope virali e membrane endosomiali è mediata da proteine fusogeniche virali. Queste vengono attivate attraverso lo smascheramento di un dominio di fusione normalmente non esposto alla superficie della molecola, e che diventa esposto in seguito a modificazioni conformazionali della proteina, indotte dal pH acido della vescicola di endocitosi. Alternativamente, l'attività fusogenica può essere indotta dall'interazione di proteine virali con i loro recettori cellulari. Le fasi iniziali dell'uncoating possono avere luogo all'interno dell'endosoma; in questo caso sono indotte dal pH acido dell'endosoma, o direttamente nel citoplasma.  L'endocitosi, comunque, è potenzialmente pericolosa per i virus, perché, se essi rimangono troppo al lungo nella vescicola di endocitosi, possono essere irreversibilmente danneggiati dal pH acido o dagli enzimi lisosomiali. Alcuni virus possono controllare questo processo. Ad esempio, la proteina M2 del virus influenzale è un canale ionico che permette la penetrazione degli ioni idrogeno all'interno del nucleocapside e in questa maniera facilitano l'uncoating. Anche nei picornavirus, la penetrazione del citoplasma a seguito dell'uscita del virus dagli endosomi è strettamente connessa all'uncoating. Infatti, l'ambiente acido dell'endosoma causa una modificazione conformazionale nel capside che espone domini idrofobici che normalmente non possono essere localizzati alla superficie dei virioni maturi. Si ritiene che l'interazione di queste regioni idrofobiche con le membrane endosomiali induca la formazione di pori attraverso il quale passa il genoma, che viene rilasciato nel citoplasma. I capsidi degli herpesvirus, degli adenovirus, e dei poliomavirus vanno, invece, incontro a modificazioni strutturali a seguito della penetrazione, ma nel complesso rimangono fondamentalmente intatti. Questi capsidi contengono sequenze in grado di interagire con il citoscheletro, e l'intero capside viene trasportato fino al nucleo. A livello dei pori nucleari a luogo l'uncoating e l'acido nucleico viene rilasciato nel nucleo. Nei reovirus e poxvirus, l'uncoating non viene completato, e molte delle razioni per la replicazione del genoma sono catalizzate da enzimi virus-codificanti all'interno di particelle citoplasmatiche poco diverse dai virioni.