Genoma dei retrovirus

Il genoma dei retrovirus ha quattro caratteristiche uniche:
1.sono gli unici virus ad essere veramente diploidi, in quanto contengono due copie di RNA a polarità positiva tenute insieme attraverso l'appaiamento di basi, che risulta essere più forte a livello del 5';
2.sono gli unici virus a RNA il cui genoma è interamente prodotto dall'apparato trascrizionale della cellula ospite (senza alcuna partecipazione di polimerasi codificate dal virus);
3.sono gli unici virus il cui genoma richiede uno specifico RNA cellulare (tRNA) per la replicazione;
4.sono i soli virus a RNA con filamento a polarità positiva il cui genoma non serve direttamente come mRNA subito dopo l'infezione.
Tutti i retrovirus contengono: R, che è una corta sequenza che forma ripetizioni dirette ad entrambe l'estremità del genoma, importante durante il processo di replicazione, U5, una sequenza unica non codificante che è la prima parte del genoma ad essere retrotrascritta ed è l'importante sito dell'integrazione, PSB, 18 nucleotidi complementare al 3', Leader, 90-500 nucleotidi non tradotti, PPT, sito di inizio del filamento positivo di DNA e U3, regione unica non codificante contenenti elementi promoter. Il virus dell'epatite B (HBV) è il componente più rappresentativo della famiglia Hepadnaviridae. I virus di HBV sono sferici e contengono un genoma a DNA parzialmente a doppio filamento, più una DNA polimerasi RNA-dipendente. Gli hepadnavirus hanno dei genomi molto piccoli costituiti da un filamento a polarità negativa di dimensioni comprese tra 3 e 3,3 kb e un filamento a polarità positiva di dimensioni comprese tra 1,7 e 2,8 kb. Durante l'infezione delle cellule il virus produce tre trascritti genomici prevalenti; mRNA di 3,5, 2,4 e 2,1 kb. Tutti hanno la stessa polarità (sono trascritti tutti dalla stessa catena del genoma virale) e la stessa estremità 3' ma presentano differenti estremità 5' (differenti siti d'inizio). È noto che in questi virus vi sono quattro regioni: C, che codifica la proteina del core, P, che codifica la polimerasi, S, che codifica i tre polipeptidi degli antigeni di superficie e X, che codifica un trans-attivatore della trascrizione virale.