Sintesi proteica: conclusione della traduzione

Il ciclo del ribosoma continua fino a quando uno dei tre codoni di stop entra nel sito A. Questi codoni vengono riconosciuti da proteine dette fattori di rilascio (release factors, RF), che attivano l'idrolisi del polipeptide dal peptidil-tRNA. Esistono due classi di fattori di rilascio. I fattori della classe I riconoscono i codoni di stop e innescano l'idrolisi della catena peptidica dal tRNA nel sito P. I procarioti possiedono due fattori di rilascio di classi I, detti RF1, che riconosce il codone di stop UAG, e RF2 che riconosce UGA. Mentre il terzo codone di stop, UAA, viene riconosciuto da entrambi. Negli eucarioti, invece, è presente un solo fattore di rilascio di classe I detto eRF1, che riconosce tutti e tre i codoni di stop e presenta una molecola d'acqua per idrolizzare il peptidil-tRNA. I fattori di rilascio di classe II stimolano la dissociazione dei fattori di classe I dai ribosomi, in seguito al rilascio della catena polipeptidica. I procarioti e gli eucarioti possiedono solamente un fattore di classe II, chiamato RF3 ed eRF3. Anche questi fattori, come EF-G ed EF-Tu, sono regolati da GTP. Comunque, tutti i fattori di classe I hanno in comune una sequenza di tre amminoacidi (glicina, glicina, glutammina, GGQ), situate in prossimità del centro peptidil-transferasico, che è essenziale per il rilascio del polipeptide. Inoltre, sempre questi fattori simulano un tRNA dal punto di vista funzionale, ma non strutturale, essendo anche dotati di un peptide anticodone che interagisce con il codone di stop e, come dicevamo prima, di un motivo GGQ che si inserisce nel sito della peptidil-transferasi. Comunque, una volta che il fattore di rilascio di classe I ha innescato l'idrolisi del legame del peptidil-tRNA, esso deve essere rimosso dal ribosoma. Ciò si ottiene per mezzo del fattore di rilascio di classe II, RF3 (oppure eRF3). Questa proteina ha una maggiore affinità per GDP che per GTP. Quindi in prevalenza troviamo la forma RF3-GDP. Quando abbiamo la liberazione del polipeptide attuata dal fattore di rilascio di classe I, si stimola lo scambio tra GDP e GTP su RF3. Questo porta ad un interazione di RF3-GTP ad alta affinità con il ribosoma, che induce l'allontanamento del fattore di classe I. Alla fine del ciclo di traduzione, abbiamo un processo noto come riciclaggio del ribosoma. Nelle cellule procariotiche, un fattore noto come fattore di riciclaggio del ribosoma (ribosome recycling factor, RRF), che simula un tRNA posizionandosi al sito A, agisce insieme ad EF-G e IF3 per riciclare il ribosoma.