I retrotrasposoni poli-a assomigliano ai geni

I retrotrasposoni poli-A non hanno le ripetizioni terminali invertite presenti in tutti gli altri tipi di trasposoni. Al contrario, le due estremità dell'elemento sono caratterizzate da sequenze diverse. Un'estremità è detta 5' URT (per untraslated region, regione non tradotta), mentre l'altra ha una zona chiamata 3' UTR, seguita da una serie di paia di basi del tipo A-T, la così detta sequenza poli-A. Questi elementi sono anche fiancheggiati da corte duplicazioni del sito bersaglio. I retrotrasposoni portano due geni, noti come ORF1 e ORF2. Il primo codifica per una proteina che lega l'RNA, mentre ORF2 per un fattore caratterizzato da un'attività sia di trascrittasi inversa che endonucleasica. Comunque, i retrotrasposoni poli-A, quali, per esempio, gli elementi LINE (circa il 20% del genoma) e SINE umani, si muovono per mezzo di un intermedio a RNA ma usano un meccanismo diverso da quello usato dagli elementi simili ai virus. Questo meccanismo è chiamato trascrizione inversa innescata dal sito bersaglio. Il primo passaggio consiste nella trascrizione da parte di una RNA polimerasi cellulare dell'elemento a DNA integrato. In questo caso anche se il promotore è nascosto nel 5' UTR, la sintesi dell'RNA può partire dal primo nucleotide del trasposone. L'RNA neosintetizzato viene trasportato nel citoplasma e tradotto producendo le due proteine ORF1 e ORF2 che rimangono associate al trascritto che le ha codificate. Il complesso ribonucleico, quindi, rientra nel nucleo dove si associa al DNA cellulare. A questo punto, l'endonucleasi inizia la reazione di integrazione introducendo un taglio nel DNA cromosomico. Le sequenze ricche di T costituiscono dei siti preferenziali di taglio. La presenza di queste T sul sito di taglio permette al DNA di appaiarsi con la coda poli-A dell'elemento a RNA. L'estremità 3'-OH che si è venuta a formare nella reazione d'incisione del DNA, serve come innesco per la retrotrascrizione dell'elemento a RNA. I passaggi finali della trasposizione, anche se non ancora ben compresi, includono la sintesi del secondo filamento di cDNA, la riparazione della rottura nel sito d'inserzione ed una reazione di ligasi utile a saldare i filamenti di DNA.