Analisi peptidomica dei biofluidi

Analisi peptidomica dei biofluidi 3 RIASSUNTO Il progetto di tesi, svolto presso il laboratorio di proteomica di Porto Conte Ricerche S.r.l. di Alghero (SS), ha avuto come obiettivo primario quello di proporre un approccio sperimentale finalizzato alla biomarker discovery applicata al peptidoma del siero sanguigno, un fluido biologico che fornisce importanti informazioni sullo stato fisio- patologico di un individuo. Una delle maggiori difficoltà nello studio del proteoma dei fluidi biologici è data dall’elevato range dinamico di concentrazione proteica. Il contenuto del siero in proteine è, infatti, molto elevato (in genere 60-80 mg/ml), ma solo 22 specie proteiche costituiscono il 99% della quantità totale, superando così le potenzialità degli attuali approcci analitici. Inoltre, molti possibili biomarcatori, sono presenti con elevata probabilità nella porzione proteica a bassa abbondanza, cioè il restante 1% delle proteine presenti nel siero, che riveste, quindi, una notevole importanza per gli studi di proteomica. In questo studio ci si è in particolare focalizzati sulla frazione proteica a basso peso molecolare (peptidi e proteine fino a circa 20 kDa), che ricopre una porzione estremamente esigua dell’intero siero, ma che potrebbe essere di estremo interesse nella ricerca di marcatori diagnostici. Per questi motivi l’analisi del peptidoma necessita di un buon metodo di preparazione del campione, che permetta di ridurre il contenuto delle proteine ad elevata abbondanza. Nella prima fase di questo lavoro, sono stati messi a confronto tre metodi di frazionamento peptidico sviluppati a partire da lavori presenti in letteratura.