Studio e analisi di strutture dati efficienti per la compressione di sequenze di DNA
Suffix Array esteso
Quindi, come abbiamo già accennato all’inizio del documento, il Suffix Array esteso è semplicemente il Suffix Array di una stringa con il relativo LCP. Esistono due modi per realizzare il Suffix Array esteso: uno, quello utilizzato finora da me, consiste nel costruire il Suffix Array e, una volta completata la costruzione del Suffix Array, utilizzarlo per costruire l’array LCP. In questo caso la complessità di tempo è O(n log n) per la costruzione del Suffix Array e O(n) per calcolare LCP del Suffix Array. Un altro metodo consiste nel costruire in modo incrementale il Suffix Array dividendo il testo in blocchi di dimensioni adeguate e insieme al Suffix Array calcolare anche l’array LCP fianco a fianco. Anche questo metodo è efficiente in termini di spazio poiché la costruzione viene eseguita blocco per blocco. E’ stata introdotta una nuova strategia, come già accennato all’inizio, per la costruzione incrementale del Suffix Array esteso utilizzando la Fattorizzazione di Lyndon che apre nuovi scenari per la costruzione efficiente in termini di spazio delle diverse varianti di Suffix Array comprese quelle di cui ho parlato: Suffix Array estesi e Suffix Array compressi. Questa strategia sarà esposta più avanti, dopo aver parlato approfondito la Fattorizzazione di Lyndon e la costruzione del Suffix Array incrementale. Infine il Capitolo 4, presenta più approfonditamente la costruzione del Suffix Array esteso usando i fattori di Lyndon.
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Studio e analisi di strutture dati efficienti per la compressione di sequenze di DNA
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Informazioni tesi
| Autore: | Serena Iannuzzi |
| Tipo: | Laurea I ciclo (triennale) |
| Anno: | 2018-19 |
| Università: | Università degli Studi di Salerno |
| Facoltà: | Scienze e Tecnologie Informatiche |
| Corso: | Informatica |
| Relatore: | Rosalba Zizza |
| Lingua: | Italiano |
| Num. pagine: | 50 |
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