Proteomica comparativa applicata allo studio di specifici profili proteici

La struttura primaria di una molecola proteica e la sua funzionalità possono essere alterate se le proteine sono soggette a modifiche post‐traduzionali (PTM).
Un singolo gene può dare origine, attraverso un processo di splicing alternativo, a molteplici mRNA tradotti poi in proteine simili, ma ben distinte. La creazione del carattere individuale di una proteina prosegue durante il processo di sintesi, secrezione o localizzazione nel suo sito target specifico, tutti step durante i quali la molecola può essere ulteriormente modificata. Alcune PTM, come ad come ad esempio la fosforilazione o la metilazione, possono essere
transienti o avere una natura permanente, altre restano invece immutate una volta apportate come nel caso del processamento proteolitico.
Tra tutte le possibili modifiche che oggigiorno si conoscono, solo alcune sono state studiate in maniera sistematica.
La 2-­DE (elettroforesi bidimensionale) si è ben adattata allo studio delle PTM, perché permette di avere una visualizzazione di tali modifiche e allo stesso tempo di ottenere una stima semi-­quantitativa dell'ammontare delle stesse.
Nei processi di mappatura su larga scala, esistono due modi per valutare le PTMs:

• Il primo metodo, può essere definito come "globale" e prevede la preventiva identificazione delle proteine in base ai peptidi non modificati, seguita dalla
ricerca per tali molecole dei possibili peptidi modificati;

• La seconda metodica, che invece si può indicare come "orientata", focalizza l'attenzione su uno specifico tipo di PTM che può essere a carico di tutte le proteine del campione in esame.

Ciò che spesso complica l'analisi relativa alle PTMs è la bassa stechiometria, il basso fattore di risposta dei peptidi portanti la modificazione o la natura
labile della stessa.