Caratterizzazione computazionale di alchilammonio cloruri

In questa sezione verrà esposto quanto elaborato con i programmi Travis [62], VMD e Gromacs stesso nello studio della struttura microscopica dei liquidi studiati. Travis è un importante strumento per il calcolo di molte proprietà a partire da una traiettoria in formato xyz o pdb, VMD invece è un potente strumento per l’esecuzione di plot di distribuzioni molecolari in tre dimensioni mentre con Gromacs è stato possibile eseguire plot bidimensionali delle distribuzioni molecolari di interesse.

Le distribuzioni molecolari sulle quali ci si è concentrati sono, in riferimento alla nomenclatura adottata nella sezione 1.2, C3 − C3 e N3 − Cl.
Per prima cosa sono state generate le funzioni di distribuzione radiale, g(r), per tutta la serie dei composti studiati. [...]
Come si vede esaminando i grafici per quanto riguarda la g(r) C3 −C3 possiamo dire che all’aumentare della lunghezza della catena alchilica non c’è un sostanziale cambiamento nella distribuzione. Tutte infatti presentano due picchi piuttosto pronunciati e uno meno evidente a distanze maggiori indice del fatto che la struttura locale del liquido può essere schematizzata come composta da tre gusci di solvatazione l’ultimo dei quali appena visibile. Una sottile differenza sta nella larghezza dei picchi delle varie distribuzioni, soprattutto di quello a distanze minori. Ricordiamo che la larghezza di un picco in una g(r) è un indice dell’ “ordine” di ciò che il picco stesso rappresenta. Infatti se ad esempio avessimo a che fare con un solido con una certa distribuzione di atomi intorno ad uno di riferimento nel tempo osserveremmo che questa distribuzione non cambia, nei limiti dei moti vibrazionali degli atomi nel reticolo, e quindi la g(r) per questa particolare situazione sarebbe una linea ad una distanza ben definita. Chiaramente in un liquido gli atomi si muovono nel tempo e tanto più sono liberi di muoversi tanto più la configurazione intorno al riferimento cambia nel tempo quindi un picco più allargato indica una situazione più “dinamica” rispetto ad un picco più stretto. In riferimento a quanto appena spiegato si può osservare come i diversi composti abbiano larghezze differenti e quindi grado di dinamismo diverso. Le differenze sono molto sottili ma si può osservare che la larghezza del picco diminuisce passando dal macl all’eacl e al pacl per poi riaumentare con il bacl. [...]