Tecnica RAPD (Random Amplification Of Polymorphic DNA)

La RAPD è efficacemente utilizzata come marcatore molecolare in assenza di una previa conoscenza della sequenza genomica in esame. Essa costituisce un marcatore molecolare in quanto consente di rilevare e di marcare le identità o le differenze genomiche, le modificazioni geniche, cioè le serie di polimorfismi tipici di ogni specie vivente. I marcatori molecolari RAPD consentono di ottenere un fingerprinting molecolare che non è locus-specifico ma multi-locus e di rilevare, dunque, la diversità genetica tra individui appartenenti alla stessa specie o a specie diverse dovuta a eventi di mutazione che si verificano in siti ipervariabili del genoma.

I polimorfismi sono da attribuire a differenze nelle sequenze nucleotidiche riconosciute dai primers oppure comprese tra i siti annealing degli stessi. Il polimorfismo è di tipo qualitativo: presenza contro assenza della banda. La situazione allelica al locus considerato può essere accertata soltanto verificando i modelli di segregazione del marcatore in popolazioni sperimentali ottenute mediante autofecondazioni o incroci controllati.

I marcatori RAPD sono dominanti, ossia incapaci di distinguere i genotipi omozigoti da quelli eterozigoti. Infatti il locus eterozigote per il sito di attacco del primer produce una sola banda come il locus omozigote, anche se il prodotto di amplificazione è teoricamente in quantità minore (il DNA-stampo dell'eterozigote è pari alla metà rispetto all'omozigote).

Esiste la possibilità di co-migrazione di frammenti di amplificazione che hanno lo stesso peso molecolare ma che racchiudono sequenze diverse. In tal caso, un valido aiuto nell'interpretazione dei profili elettroforetici può essere fornito dall'intensità del segnale conseguente all'efficienza di amplificazione.