Come l'immunità innata riconosce i patogeni

I componenti dell'immunità innata riconoscono strutture peculiari dei microrganismi patogeni che non sono espresse dalle cellule self. Le sostanze microbiche che stimolano l'immunità innata sono chiamate profili molecolari associati ai patogeni (Pathogen Associated Molecular Patterns, PAMP) e i recettori che legano queste strutture conservate sono definiti recettori per il riconoscimento dei profili (Pattern Recognition Receptors, PRR). Classi diverse di microbi (ad esempio virus, batteri gram-positivi o gram-negativi) esprimono PAMP differenti. Queste strutture comprendono acidi nucleici esclusivi dei microrganismi, come l'RNA a doppia elica presente in alcuni virus, o sequenze a DNA CpG non metilate riscontrate nei batteri, ma anche lipidi e carboidrati complessi come il lipopolisaccaride dei gram-negativi o gli acidi teicoici nei gram-positivi. Comunque l'immunità innata, come ben si può capire, riconosce tutte strutture che risultano essere essenziali per la sopravvivenza dei microrganismi. Questa è una caratteristica importante in quanto assicura che i bersagli dell'immunità innata non riescano a sfuggire al riconoscimento da parte dell'ospite. Inoltre, i recettori dell'immunità innata che riconoscono i profili molecolari includono sia i recettori associati alla cellula espressi sulla superficie sia proteine solubili in circolo. I recettori cellulari possono trasdurre alla cellula segnali che attivano funzioni antimicrobiche e proinfiammatorie  e possono facilitare la cattura dei microbi da parte della cellula. Mentre i recettori solubili facilitano la rimozione dei microrganismi dal sangue facilitandone la cattura o attivando meccanismi di uccisione che avvengono all'esterno della cellula. Comunque i recettori dell'immunità innata sono codificati dalla linea germinativa, e, potendo questa codificare una quantità di recettori molto inferiore a quella che si genera con il riarrangiamento genico, l'immunità innata ha un repertorio limitato di specificità. Oltre a queste caratteristiche i recettori possono riconoscere anche cellule “stressate” o danneggiate che esprimono particolari molecole non presenti nelle cellule sane. Queste molecole vengono espresse anche da tutte le cellule che contengono microbi, anche se quest'ultimi non risultano essere esposti sulla superficie della cellula.