Cause endogene ed esogene delle mutazioni geniche spontanee

Solo una parte delle mutazioni spontanee può essere attribuita a cause esogene, ovvero alla presenza nell'ambiente di agenti mutageni, come radiazioni, radionuclidi, analoghi di basi del DNA e altri composti chimici che possono interagire casualmente con il DNA. Sono stati identificati, comunque, anche molti fattori endogeni, di sicura importanza per la mutagenesi spontanea. Questi fattori possono essere correlati a processi fisico-chimici, quali rottura dell'elica del DNA in seguito ad idrolisi, oppure ad errori che si verificano nel corso dei processi fisiologici. Inoltre, si fa sempre più evidente l'importanza degli elementi trasponibili: tra le inserzioni possono essere identificate inserzioni o meglio trasposizioni duplicative e trasposizioni non duplicative a seconda che la sequenza sia copiata e inserita in un altro sito o sia inserita semplicemente senza essere replicata. Un ruolo importante è sicuramente svolto dalle inserzione di elementi genetici trasponibili tipo LINE, sequenze ripetute tra le più frequenti nel genoma dei mammiferi: il numero di copie può interferire con il tasso di mutazione spontanea.