Analisi di paternità

Questo tipo di analisi, eseguita con marcatori micro satelliti da 9 a 15, può essere esclusa in modo deterministico (il figlio ha un allele diverso da quello dei genitori o il figlio non ha almeno un allele di ciascun genitore) o provata solo in modo probabilistico. Viene utilizzata per stimare gli indici genetici con il metodo BLUP, per i piani di accoppiamento, per il calcolo dell’ereditabilità e i controlli genealogici.
In corrispondenza di ogni marcatore ogni individuo avrà uno solo (omozigosi) o due degli alleli possibili (eterozigosi) la probabilità che due individui abbiano la stessa combinazione di alleli in un locus può essere alta se aumentiamo il numero dei marcatori la probabilità che due individui presentino la stessa combinazione di alleli per tutti i loci diventa piccolissima.
Numerosi gruppi di ricerca sono attualmente impegnati nella ricerca di un metodo che consenta di identificare la razza utilizzando un numero di marcatori microsatellite ancora più elevato (da 20 in su).
Approccio deterministico
E’ un metodo che consente di assegnare la razza ad un determinato soggetto con sicurezza assoluta (probabilità=1). Possibile solo se per ogni razza si individuano degli alleli esclusivi per la stessa (trovo l’allele A per il locus INRA23: la razza del soggetto è la Piemontese perché solo la Piemontese ha quell’allele).
Approccio probabilistico
E’ un metodo basato su frequenze alleliche, su distanze genetiche es. metodi frequenze alleliche. Consentono di assegnare la razza ad un determinato soggetto con una certa probabilità (che io scelgo). Si basa sull’individuazione di microsatelliti per i quali la frequenza dei diversi alleli sia una caratteristica propria della razza; l’insieme delle frequenze di tutti gli alleli costituisce “l’impronta” che permette di discriminare una razza dall’altra.
I metodi maximum likelihood individuano la probabilità che un determinato genotipo provenga da una data popolazione (razza). Le fasi sono: calcolo delle frequenze alleliche di tutti i marcatori in tutte le popolazioni candidate ; probabilità di un dato genotipo viene calcolata, per ogni razza,
come il prodotto delle frequenze (in quella razza) degli alleli
presenti    funzioni di maximum likelihood; l’individuo viene assegnato alla popolazione in cui la probabilità del suo genotipo è massima.
Nei metodi Bayesiani le funzioni di maximum likelihood sono sostituite da funzioni di densità di probabilità delle frequenze alleliche.